תופעות הלוואי של השתלת שיער הן היווצרות פצעים קטנים שהופכים לגלדים ולוקח להם כשבוע עד שנופלים, אפשרות לנפיחות קלה למרות שבד"כ ניתן למנוע אותה ע"י הדבקת פלסטר מיוחד במצח העליון ומתן תרופות להורדת נפיחות, כאבים קלים ביום הראשון כשכל כדור למניעת כאבים מונע אותם וכן אי תחושה קלה באיזור הקרקפת שחולפת תוך זמן ולא מפריעה לתפקוד היומיומי. כל התופעות הללו יכולות להיווצר אך לאחר שבוע אתה חוזר למצב איתו הגעת ביום ההשתלה והשיער החדש מתחיל לצמוח לאחר 3 חודשים מאד בהדרגה ותהליך צמיחתו מסתיים לאחר כ-9-12 חודשים.